Несмотря на своё название, которое происходит от греческих слов, означающих «речная лошадь», бегемоты не имеют никакого отношения к лошадям. Они принадлежат к отряду парнокопытных (Artiodactyla), который включает в себя свиней, верблюдов и оленей, а также китообразных (киты, дельфины и морские свиньи). У бегемотов и китов был общий предок, который жил 55 миллионов лет назад. Бегемоты имеют много общих черт с китообразными, например, кожа, практически лишённая волосяного покрова, и роды под водой. Учёные даже обнаружили, что бегемоты издают щелчки во время движения под водой, похожие на эхолокацию китообразных